做好新形势下南疆工作的指导思想是:深入贯彻落实党的十八大和十八届三中、四中、五中全会精神,深入贯彻落实习近平总书记系列重要讲话精神,深入贯彻第二次中央新疆工作座谈会和中央有关文件精神,围绕社会稳定和长治久安这个总目标,坚持“四个全面”战略布局,以推进治理体系和治理能力现代化为引 领,以经济发展和民生改善为基础,以维护祖国统一、促进民族团结、遏制宗教极端思想等为重点,坚持依法治疆、团结稳疆、长期建疆,坚持创新、协调、绿色、开放、共享发展,全面推进经济、政治、文化、社会、生态文明建设和党的建设。
南疆工作的目标任务是:到2020年,在反分裂斗争、反恐维稳、民族团结、宗教事务管理、促进兵地融合等方面取得重要进展;人民生活水平全面提 升,基础设施条件全面改善,自我发展能力明显增强;现行标准下农村贫困人口实现脱贫,贫困县全部摘帽,解决区域性整体贫困,全面建成小康社会目标基本实现,为长治久安打下坚实基础。